Lenine Santos estreou em ópera na temporada de 1993 do Teatro Municipal de São Paulo, como Arlechino em I Pagliacci, de Leoncavallo, e desde então tem cantado, além do repertório operístico tradicional, personagens em óperas contemporâneas, como em A Redenção Pelo Sonho, de Tim Rescala (1999 e 2009), 22, Antes e Depois, de Tim Rescala, Arrigo Barnabé e Guto Lacaz (2002), e Sarapalha, de Harry Crowl (2010).

Tem no repertório oratórios, missas e cantatas de J. S. Bach, Anton Bruckner, W. A. Mozart, Joseph Haydn, Marc-Antoine Charpentier, Ariel Ramirez, Almeida Prado e Carlos Alberto Pinto da Fonseca.

Doutor em Música pela UNESP, desenvolve um projeto de pesquisa voltado para a análise, divulgação e interpretação da música de câmara brasileira, repertório em que vêm realizando estréias de importantes compositores como Villani-Côrtes, Osvaldo Lacerda, Achille Picchi, Amaral Vieira, Kilza Setti, Almeida Prado, Sérgio Vasconcelos Corrêa, Nestor de Hollanda Cavalcanti, Tim Rescala, Arrigo Barnabé e Gilberto Mendes, sendo seu primeiro CD, XX Compositores Brasileiros (1998), inteiramente dedicado a este repertório.

O encontro com a cantora Suzana Salles e Ivan Vilela resultou nos CDs Caipira (2005) e Mais Caipira (2010), onde interpretam clássicos do cancioneiro regional brasileiro. De sua discografia constam ainda Minhas Pobres Canções (2006), que traz a integral das canções de Antônio Carlos Gomes,  e o CD Canção (2007), ambos pela gravadora ALGOL.